Kanal İstanbul' projesi ilgili siyasi tartışmalar sürerken, konunun yansımaları İBB bürokrasisini de etkiledi. Edinilen bilgiye göre, ‘Kanal İstanbul' projesi ile ilgili olarak hazırlanan ÇED raporuna önceki yönetim zamanında olumlu görüş bildiren Prof. Dr Alarçin´in, yeni yönetim zamanında görüşünü değiştirmesi istendi. Yeni yönetimin hazırladığı rapora imza atmayan Prof. Dr Alarçin´e "Sizinle çalışamayacağız" dendi. Yıldız Teknik Üniversitesi öğretim üyesi olan Prof. Dr. Alarçin, yıl sonuna kadar izne ayrıldı.

‘Kanal İstanbul' projesi nedeniyle görevden alındığı öne sürülen Prof. Dr. Alarçin iddiaları doğrularken, daha fazla açıklama yapabilmek için üniversitesinden izin alması gerektiğini söyledi.

İBB'nin yeni yönetiminin eylül ayında görev süresi dolan Prof. Dr. Alarçin´in, görev süresinin bir yıl uzatılması için Yıldız Teknik Üniversitesi´ne yazı yazdığı da belirtildi. Ancak İBB, görev süresinin bir yıl uzatılmasını istediği Prof. Dr. Alarçin´i ‘Kanal İstanbul' konusundaki görüşünü değiştirmediği için 2,5 ay sonra görevden aldı.

Çevre Koruma ve Kontrol Daire Başkanlığı´na Prof. Dr. Fuat Alarçin´in yerine Boğaziçi Üniversitesi Çevre Bilimleri öğretim üyesi Prof. Dr. Ayşen Erdinçler´i atadı.